Перемещение по игровому пространству возможно, как по горизонтальным, так и вертикальным поверхностям, при этом в отличие от моделей игрового паркура в таких играх, как Assassin's Creed и Mirror's Edge, перемещение по стенам домов в Prototype носит не реалистичный характер и реализовано в виде обычного бега. Падение с высоты, в игре, не приводит к уменьшению жизни и может использоваться для атаки на противника. Кроме того, главный герой Prototype умеет очень высоко прыгать, а так же некоторое время планировать в воздухе, при этом изменяя траекторию полета и при необходимости атакуя противника.
В игре достаточно большой набор разрушаемого окружения, игрок может поднимать и бросать машины, ящики и т. п., взрывать цистерны, разрушать дома превращенные в ульи, или базы военных, ломать деревья, фонарные столбы и т. д. Благодаря этому игру можно отнести к sandbox-играм, дающим возможность для использования различных стилей прохождения тех, или иных миссий. Так же в игре реализован эффект смены дня и ночи.
Следует отметить, что кроме открытого боя игроку так же доступна возможность скрытого прохождения миссий. Стелс элементы основаны, не на переодевании, или использования теней, для маскировки своего местонахождения, а на способности Мерсера принимать вид любого не игрового персонажа (кроме мутантов) и таким образом скрываться от погони, или проникать на базы военных. Так же в военной маскировке главный герой может вызвать артиллерийский удар по заранее отмеченной позиции, или не вызвав подозрений сесть в танк. Со временем у Алекса появляется способность к стелс поглощению не игровых персонажей, что дает возможность незаметно менять облик.
В отличие от большинства современных игр, где полоска жизни изначально отсутствует, в Prototype она есть и в начале игры достаточно мала, но так же, как и суперспособности может подвергнуться апгрейду. Для пополнения очков жизни, вместо аптечек предлагается использовать биологический материал жителей города. Самостоятельная регенерация героя максимально замедлена.
Пишите если кто играл кому понравилась и чем