После как считалось ранее успешной операции на территории ЧАЭС произошёл взрыв, полностью уничтоживший станцию. Выброс, активированный со стороны Лиманска вобрал в себя мощь взрыва и нанёс разрушительные, мутагенные и другие разрушительные последствия. Лишь малая часть военных смогла убраться из этого месива. Сталкеры Свободы, находящиеся на Тёмной долине после эвакуации с Военных складов были застигнуты в расплох и были сметены волной. Единицы смогли укрыться на Кордоне, нынешней территории Долга, который явно встретил их не дружелюбно. Одним из Выживших является наш персонаж. От смерти его спасает Воронин, объявивший об общей мобилизации группировок для нанесения более мощного урона противнику. Гуманоиды Осознания не отключились как планировал Соловьёв. Более того, операция военных Была предугадана противником и станции управления были заранее эвакуированны в 3 точки Зоны поражения.
В таком сложном положении наш персонаж и начинает свой путь...
Геймплей Зона изменилась. Возросла аномальная активность, там где раньше можно было спокойно пройти, теперь боязно ступить. Группировки перекочевали с прежних мест на новые. Повсюду идут бои сталкеров и осознания. Расширена территория действий игры.